上海海事大学的前身为晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）于1909年增设的船政科（航海专科）。这个学制4年的航海专科，开创了中国高等航海教育的先河。1911年，上海高等实业学堂船政科划归商船学堂，中国历史上的第一所航海高等学府在上海诞生了。后来该校经过迁址，并更名为吴淞商船专科学校。
在吴淞商船专科学校存在40多年时间里，虽历经沧桑，但造就了大批优秀航海人才。该校1000多名毕业学生中，大多取得了很高的成就。中国第一个外洋轮船长，首任肇兴轮船公司总船长，曾任中国商船驾驶员联合会长的陈干青、中国最早的海轮船长之一郏鼎锡、招商局最早的海轮船长之一马家骏等都是其中的佼佼者。
经过110年的风风雨雨，上海海事大学已然成为国内实力最为顶尖的航运类高校之一。至今，上海海事大学已向全国港航企事业单位及政府部门输送了逾16万名毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。
大连海事大学与上海海事大学同宗同源，其前身也是晚清邮传部上海高等实业学堂（南洋公学）于1909年增设的船政科（航海专科）。但与上海海事大学不同的是，大连海事大学是“211工程”重点建设高校、“双一流”建设高校。
如果把时间放到新中国成立后，1953年合并成立的大连海运学院（大连海事大学前身），是当时国内唯一的高等航海学府，这比上海海运学院（上海海事大学的前身）的成立时间早了6年。而且在大多数人看来，大连海事大学是国内实力最强的海事大学。
