第三层的高校有10所，主要分布在东部和西部地区。东部地区的北理工、中国农业大学、大连理工大学和西部地区的兰州大学、西北工业大学和重庆大学等都是实力排名985工程中下游的高校。其中，北京理工大学的位置比较尴尬。从录取分数线来看，这所大学和北航不相上下，但综合实力却和北航差了不少，而且有越拉越大的趋势。这些高校能进去第三层主要原因是他们都是31所副部级高校之一，地位上比第四层高校高出不少。
