经过7年的水下考古调查勘探，探明了长江口二号古船的基本情况。长江口二号古船为木质帆船，确认年代为清代同治时期（公元1862-1875年），所在水域水深8-10米，船体埋藏于5.5米深淤泥中，残长约38.1米、宽约9.9米，已探明有31个舱室。古船上部的船艏、缆桩、主桅杆、左右舷等结构完整，从目前的勘测情况看，推测为清代上海广为使用的沙船的可能性最大。通过选取4个舱室进行的小范围清理，舱内均发现有码放整齐的景德镇窑瓷器等精美文物，已经出水完整或可修复的文物种类多、数量大。另外，在船体及周围还出水了紫砂器、越南产水烟罐、木质水桶残件、桅杆、大型船材、铁锚、棕缆绳、滑轮以及建筑材料等大量文物。特别是出水的绿釉杯底书有“同治年制”款，为古船的断代提供了重要的依据。
